Τα Όργανα Διοίκησης της Δ.Α.Λ. είναι τα εξής:
α) Το Συμβούλιο Διοίκησης (Σ.Δ.)
β) Ο Διοικητής

Το Συμβούλιο Διοίκησης συγκροτείται από:
α) Tον Διοικητή της Δ.Α.Λ., ως Πρόεδρο
β) Έναν (1) εκπρόσωπο του Υπουργείου Ναυτιλίας και Νησιωτικής, ο οποίος ορίζεται από τον οικείο Υπουργό, με τον νόμιμο αναπληρωτή του.
γ) Τον Διευθυντή της Διεύθυνσης Λιμενικής Πολιτικής της Γ.Γ.Λ.Λ.Π.Ν.Ε., με τον νόμιμο αναπληρωτή του.
δ) Έναν (1) εκπρόσωπο των εργαζομένων στα λιμάνια, ο οποίος υποδεικνύεται από την αντιπροσωπευτικότερη δευτεροβάθμια οργάνωση των εργαζομένων στα λιμάνια, με τον νόμιμο αναπληρωτή του.
ε) Έναν (1) εκπρόσωπο των εργαζομένων στη Δ.Α.Λ., ο οποίος υποδεικνύεται από την αντιπροσωπευτικότερη δευτεροβάθμια συνδικαλιστική οργάνωση, με τον νόμιμο αναπληρωτή του.

Η λειτουργία του Συμβουλίου Διοίκησης διέπεται από τις διατάξεις των άρθρων 13, 14 και 15 του ν. 2690/1999, που αφορούν στη λειτουργία των Συλλογικών Οργάνων της Διοίκησης.

Το Συμβούλιο Διοίκησης αποτελεί το ανώτατο διοικητικό όργανο της Δ.Α.Λ. και κατά κύριο λόγο διαμορφώνει τη στρατηγική και την πολιτική της, εποπτεύει και ελέγχει τη διαχείριση της περιουσίας της και ασκεί τις αρμοδιότητες που προβλέπονται από την κείμενη νομοθεσία, τον Κανονισμό Λειτουργίας της Δ.Α.Λ, καθώς και τις ακόλουθες:
α) Αποφασίζει για τη λήψη μέτρων που εξασφαλίζουν την εύρυθμη λειτουργία της Δ.Α.Λ, την ορθολογική και αποδοτική διαχείριση των διαθέσιμων οικονομικών πόρων, ώστε να ανταποκρίνεται στην αποστολή της.
β) Εγκρίνει τον προϋπολογισμό της Δ.Α.Λ., καθώς και τον ισολογισμό και απολογισμό της οικονομικής χρήσης κάθε έτους.
γ) Εγκρίνει τις τροποποιήσεις του προϋπολογισμού, ανεξαρτήτως ποσού.
δ) Εγκρίνει το ετήσιο Σχέδιο Δράσης της Δ.Α.Λ. για την αποτελεσματικότερη άσκηση των αρμοδιοτήτων της.
ε) Αποφασίζει, χωρίς την έγκριση σκοπιμότητας από άλλο όργανο, για την προμήθεια αγαθών και υπηρεσιών, σύμφωνα με την ισχύουσα νόμιμη διαδικασία.
στ) Διατυπώνει προς τον Υπουργό Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής σύμφωνη γνώμη για την κατάρτιση, αναμόρφωση, συμπλήρωση, τροποποίηση του Κανονισμού Λειτουργίας της Δ.Α.Λ.
ζ) Αποφασίζει για την αποδοχή δωρεών και κληροδοτημάτων υπέρ της Δ.Α.Λ.
η) Εκδίδει τις αναγκαίες διοικητικές πράξεις για τα παρακάτω θέματα προσωπικού της Δ.Α.Λ.:
1) Άσκησης ιδιωτικού έργου με αμοιβή
2) Συμμετοχής σε εταιρείες
3) Υπερωριακής εργασίας
4) Αποζημιώσεων συμβουλίων και επιτροπών
θ) Ασκεί κάθε άλλη αρμοδιότητα που είναι αναγκαία για την αποτελεσματική και αποδοτική λειτουργία της Δ.Α.Λ. και δεν έχει ανατεθεί στον Διοικητή αυτής.

Ο Διοικητής της Δ.Α.Λ. έχει τη γενική και ειδική ευθύνη διοίκησης και λειτουργίας της Δ.Α.Λ. και προβαίνει σε κάθε αναγκαία ενέργεια για την εξασφάλιση της εύρυθμης λειτουργίας της. Ο Διοικητής προΐσταται όλων των υπηρεσιών της Δ.Α.Λ., εκπροσωπεί τη Δ.Α.Λ., σύμφωνα με τον Κανονισμό Λειτουργίας της και τις αποφάσεις του Συμβουλίου Διοίκησης, διοικεί την Αρχή και διαχειρίζεται σε καθημερινή βάση τα θέματα λειτουργίας της, περιλαμβανομένης και της υλοποίησης των σχετικών αποφάσεων του Συμβουλίου Διοίκησης και υπογράφει συμβάσεις προμήθειας αγαθών και υπηρεσιών τη σύναψη των οποίων έχει αποφασίσει το Συμβούλιο Διοίκησης.